Cụ thể về chi phí đầu tư, tại các dự án: Đường cơ động phía Bắc đảo Phú Quốc, đường trung tâm giai đoạn 2, đường trung tâm đoạn 3 và đường nhánh số 4 đều có sự chênh lệch giữa số liệu báo cáo kiểm toán và số liệu kiểm toán thực tế, cao hơn khoảng từ 5,7-18,3 tỷ đồng.
Về kiểm toán giá trị hợp đồng còn lại thì theo số liệu báo cáo là 556,8 tỷ đồng, số liệu kiểm toán là 557,9 tỷ đồng, chênh lệch đến 9 tỉ đồng.
Các dự án trên do UBND huyện Phú Quốc làm chủ đầu tư, đơn vị đại diện cho chủ dự án là Ban Quản lý dự án ĐTXD huyện Phú Quốc. Nguyên nhân của việc chênh lệch này được xác định là do giảm trừ chi phí khảo sát bước lập dự án; giảm chi phí xây lắp do sai khối lượng, đơn giá và dự phòng phí…
Bên cạnh đó, các dự án này còn mắc các sai phạm như: Phê duyệt dự án chưa phù hợp với quy hoạch được duyệt; công tác thẩm định dự án đầu tư chưa bảo đảm đầy đủ đúng quy trình thủ tục; phê duyệt sai tổng mức đầu tư; thẩm định dự án chưa xem xét khả năng cân đối nguồn vốn dẫn đến khi phê duyệt dự án không có vốn để thực hiện; dự toán được duyệt còn sai sót do tính sai khối lượng hình học, trùng lặp khối lượng, sai đơn giá…
Trước những sai phạm trên, ngoài đề nghị tìm hướng khắc phục, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị kiểm điểm, rút kinh nghiệm Ban Quản lý Khu Kinh tế Phú Quốc và UBND huyện Phú Quốc; làm rõ trách nhiệm của Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng đường cơ động Đảo Thổ Chu do liên quan đến các sai sót giai đoạn chuẩn bị đầu tư dự án đường cơ động phía Bắc đảo Phú Quốc.