Theo đó, VEC cho biết trong báo cáo của Kiểm toán nhà nước (KTNN), dự án này có mức tổng giá trị tiết kiệm dự kiến là 4.160 tỷ đồng (giảm 16% giá trị các gói thầu) sau khi đã đánh giá các bộ chủ quản đầu tư, VEC và các địa phương có tuyến đường đi qua đã huy động nguồn vốn, quản lý sử dụng nguồn vốn, quản lý dự án đúng theo quy định.
Tuy nhiên, hiện vẫn còn gần 10% giá trị kiến nghị giảm trừ của kiểm toán chưa được VEC thực hiện bởi theo giá trị cập nhật gần đây, tổng mức đầu tư dự kiến sẽ giảm còn khoảng 28.000 tỷ đồng so với tổng mức đầu tư ban đầu được duyệt là 34.516 tỷ đồng (giảm hơn 6.000 tỷ đồng).
Sau khi KTNN yêu cầu giảm trừ các khoản chi và xử lý tài chính số tiền 420 tỷ đồng, VEC đã xây dựng kế hoạch và có các văn bản triển khai đến các đơn vị liên quan yêu cầu thực hiện nghiêm túc các kiến nghị của KTNN nhưng đơn vị mới thực hiện được hơn 378 tỷ đồng do chưa có khối lượng thanh toán các hạng mục giảm trừ theo kiến nghị của KTNN và đơn vị đang thực hiện giảm trừ ở các đợt thanh toán tiếp theo.
Nói về trách nhiệm để xảy ra các tồn tại mà KTNN nêu, VEC khẳng định đã kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với trưởng Phòng Thẩm định, trưởng Phòng Kỹ thuật công nghệ môi trường trong công tác quản lý, điều hành chung; một phó trưởng Phòng Thẩm định, hai phó trưởng Phòng kỹ thuật công nghệ môi trường được phân công phụ trách dự án; ba chuyên viên Phòng Thẩm định và bảy chuyên viên Phòng Kỹ thuật công nghệ môi trường cộng kèm tổ chức họp kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với toàn bộ các thành viên của tổ chuyên gia đấu thầu; kiểm điểm trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có liên quan trong việc lập, quản lý hợp đồng và quản lý tiến độ, chất lượng.
Về phía Ban quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi, tập thể, cá nhân liên quan cũng đã tổ chức họp kiểm điểm và rút kinh nghiệm đối với giám đốc, ba phó giám đốc và hai trưởng phòng...
Về phần chưa làm xong, VEC cho biết, việc giảm quyết toán tới nay còn hơn 9,5 tỷ đồng (các gói thầu số: 2, 3A, 3B, 4, 5, 7, 14B1 và 14B2) do chưa có khối lượng thanh toán, nghiệm thu.
Về kiến nghị xử lý tài chính khác, hiện nay còn gần 23 tỷ đồng chưa thực hiện, VEC cho rằng, việc giảm trừ giá trị rà phá bom mìn, giải phóng mặt bằng, điều chỉnh dự toán giếng cát các gói thầu 3A, 3B, A3… đang thực hiện, vì phải xin ý kiến các bộ ngành liên quan.
Về kiến nghị giảm trừ hơn 35,2 tỷ đồng thuế VAT, hiện còn lại hơn 866 triệu đồng, số tiền này sẽ được giảm trừ khi quyết toán hợp đồng.